由于人体的尿道组织末梢神经丰富，对疼痛的刺激特别敏感，所以在进行尿道镜检查的时候，如果只是采用局部麻醉，患者往往会出现疼痛、不适的症状。由于男性尿道比较长，大约16-22cm，有三个狭窄和两个弯曲。
三个狭窄分别是尿道内口、尿道外口和尿道膜部，尿道镜在进入这些区域的时候，会引起疼痛、不适的症状，尤其是年轻的男性患者。对于女性，由于女性的尿道比较短，大约3-5cm，比男性尿道宽而且直，所以在做尿道镜检查的时候，疼痛的症状比男性要轻。