肺炎支原体感染人体后约有2-3周的潜伏期，继而出现临床表现，发病初期有咽痛、头痛、发热、乏力、肌肉酸痛、恶心、呕吐等症状。发热一般为中等热度，2-3天之后出现明显的呼吸道症状，突出表现为阵发性、刺激性咳嗽，夜间为甚，咳少量黏痰或黏液性脓痰，有时痰中带血，也可呼吸困难、心痛。值得注意的是肺炎支原体作为非典型病原体，可引起多系统、多器官的损害，如胃肠道系统发生呕吐、腹泻和肝功能损害，血液系统常见溶血性贫血，中枢神经系统可见多发性神经根炎、脑膜炎及小脑损害等，心血管系统可有心肌炎及心包炎。