人体免疫系统接触体外某种抗原物质后，就会产生记忆效应，也就是会产生相应的抗体。正常人出生后没有接触乙肝e抗原，机体通常不会产生乙肝e抗体，故健康人的乙肝e抗体阴性完全正常。
乙肝病毒主要含有三种抗原物质，即乙肝表面抗原、乙肝e抗原和乙肝核心抗原。只有活的乙肝病毒进入人体，人体免疫系统才会相应的产生乙肝表面抗体、乙肝e抗体和乙肝核心抗体。以上三种抗体中，只有乙肝表面抗体是一种中和性抗体，只有它才能中和掉侵入机体的乙肝病毒。所以，只有表面抗体才是保护性抗体。
接种乙肝疫苗的目的就是为了刺激机体产生保护性抗体，达到预防乙肝感染的目的。值得注意的是，乙肝病毒感染者乙肝e抗体也可以阴性，这种情况则不是正常现象，是乙肝病毒正在体内复制或在大量复制。所以，分析乙肝e抗体阴性是否正常，还要结合乙肝五项其他结果。