肝血管瘤的确切病因尚不明确，常见于以下几种原因：
第一、先天性发育异常：一般这种情况的肝血管瘤是先天性肝脏末梢血管畸形所导致，在胚胎发育过程中，由于肝血管瘤发育异常，导致血管内皮细胞异常增生，而形成肝血管瘤。
第二、激素刺激：女性青春期或怀孕时口服避孕药等，可以使血管瘤的生长迅速加快，因此人们认为女性激素可能是血管瘤的另外一种致病因素。
第三、感染：毛细血管组织感染后变形，导致毛细血管扩张，有肝组织局部坏死，血管扩张形成空泡征，其周围血管扩张，从而形成肝海绵状血管瘤。
以上是肝血管瘤的三大病因学说，但确切的病因依然没有找到。