草果仁辛温归脾胃经，燥湿散寒除痰截虐。可以治疗脾胃寒湿呕吐，腹泻。本品辛温燥烈，入脾胃经。燥湿健脾，温中和胃，散除寒湿，温燥中焦，是治疗脾胃寒湿主药。常用于寒湿阻滞脾胃、中阳不运而导致呕吐、乏力、身重酸痛、呕吐腹泻、腹痛、食欲不振。湿重配伍厚朴、藿香，寒重配伍干姜。
如果腹泻、尿多，草果仁配伍附子。本品可以温化湿浊，消食化积，用于寒湿内聚脾胃导致的腹满、呕吐、腹泻。可以单用。草果仁散寒化痰、芳香化湿，可以治疗疟疾，配伍厚朴、槟榔、黄芩、知母。