小朋友不肯吃药，可以进行以下处理：
一、换口感好的药物，比如孩子咳嗽可能会开小儿清热利肺口服液、小儿咳喘灵颗粒等中药，但是如果孩子小，口服药困难，可以换成西药治疗，如盐酸氨溴索、盐酸氨溴特罗等，这些药物口感相对好，有助于孩子吃进去。
二、灌药，可以用滴管或者喂药器给宝宝灌药，这个时候要小心护理，要捏住孩子的两腮，药液沿着腮和舌头之间灌入，才能减少呛药的可能，防止出现呛咳的情况。
三、保证必需的药物吃进去，如孩子发烧的时候要保证吃进去退烧药。另外，要酌情使用抗感染的药，如消炎药头孢类或大环内酯类等药物。
四、如果小朋友不肯吃药，病情不允许，必要的时候可以采用输液治疗的方法，但是如果能吃药，不是病情需要，尽量不输液。
小朋友不吃药要积极的给予安抚，尽量能够保证遵医嘱使用药物。