长期喝饮料可以导致消化系统或内分泌系统疾病，另外可以引起营养不良导致生长发育异常，此外也可以引起人体组织损伤等。一般少量食用影响不大，但是如果反复饮用则可以出现相应的症状，如可以导致胃肠负担加重，引起胃肠功能紊乱以及肠道菌群失调等，严重者可以引起慢性肠胃炎等疾病。
饮用大量饮料可以引起饮食摄入减少导致营养元素缺乏，若儿童则可以导致生长发育迟缓或发育异常等。另外如含有的碳酸过多可以引起骨质方面异常以及加重胃酸分泌，引起胃黏膜损伤等。