心脏磁共振主要检查心脏的结构、功能、血流动力学情况，以及心肌、心包的情况，临床用来检查、诊断各种类型的心脏疾病，如冠心病、高血压心脏病、糖尿病心肌病、原发性心肌病、先天性心脏病，以及肿瘤病人在放疗、化疗期间，早期发现心功能不全。
心脏磁共振可以发现左室射血分数的微小变化，在这个点上要优于超声心动图，而且其准确性、可重复性好，是评估心肌纤维化、心肌活性、心肌炎等疾病的金标准。缺点是检查所需要的时间比较长，心衰病情严重、血流动力学不稳定的患者不能耐受。