肝内胆管结石的治疗相对比较棘手，如果肝内胆管结石比较小，分布比较局限，基本通过观察，复查B超随诊即可。至于肝内胆管结石多大才能手术，临床上没有严格的要求。
如果肝内胆管结石分布比较弥散，并且造成肝脏萎缩、纤维化等质地改变，肯定需要手术治疗，防止癌变。单纯的肝内胆管结石大小并不是衡量手术的指征，主要看胆道结石分布的位置、范围，以及是否造成肝脏形态结构的改变。
如果是孤立的肝内胆管结石，即使偏大，但没有造成肝的任何实质性改变，肝功能正常，只需定期复查观察即可。因为肝内胆管结石手术主要是通过肝脏切除治疗，肝门部的肝胆管结石可以通过胆总管切开取石，这种情况相对比较少见。