甲硝唑是一种消炎的药物，具有抗厌氧菌的作用，对于口腔内牙疼能够起到一定的作用。但是甲硝唑用于牙疼治疗的时候，多用于牙龈肿胀所引起的牙疼，比如常见的有牙周脓肿、智齿发炎和急性根尖周炎的急性发作。还有牙龈肿胀比较明显流脓，甚至伴有低烧时，可以使用甲硝唑来进行辅助的治疗。
进行辅助治疗的同时需要对原发疾病再进行治疗，比如牙周脓肿需要局部进行冲洗、上药。智齿也是需要局部进行冲洗、上药，急性根尖周炎则需要进行根管治疗，甲硝唑只是起到辅助的消炎作用。而有的牙疼应用甲硝唑无效，比如虫牙引起的疼痛、龋洞、牙神经发炎，就不需要服用甲硝唑，需要局部治疗就可以。