双黄连口服液属于中成药，此药上市后的不良反应报告显示，按照说明书推荐的用法及用量，辨证合理使用则比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少。偶见患者服药后出现恶心、呕吐及其他胃肠道不适等不良反应，一般症状较为轻微，且为一过性，停药后症状就可以消失，情况严重者请去医院就诊。极少数患者会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。
此药属于非处方药，按照说明书推荐的剂量和疗程使用比较安全，擅自超说明书用药会增加不良反应发生的频率和程度，而给身体造成伤害，不可擅自更改服药剂量和疗程。为保证用药效果，服药期间应忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻的食物。