在抗结核治疗过程中，少部分患者可以出现对一种或以上抗结核药物产生耐药性。如何判断其耐药性，通过临床表现和特点判断，如在初始治疗过程中，患者的症状和胸部影像学改变较前好转，但随之又出现了反复，如咳嗽、咳痰、发烧和咯血、胸部结核病灶较前增多，排外肺结核合并感染的情况。
还有复发的肺结核，痰菌阴性后又转为阳性、抗结核治疗过程三个月以上痰结核菌涂片仍为阳性者，以上人群可以产生耐药的肺结核。但最终确诊还需要痰培养，对结核杆菌进行基因和表型的检测以判断其耐药性。
因耐药肺结核的危害极大，容易导致病情恶化产生严重的后遗症，故痰检阳性的患者常规行痰培养进行菌种、耐药的敏感度检测等，以指导治疗。