焦虑症和抑郁症的治疗提倡综合性治疗，药物治疗、心理治疗和其它物理治疗结合的治疗。在药物治疗方面，常用的抗焦虑的药物是苯二氮卓类的药物，但是这一类药物不能长期大量使用，因为它们有一定的成瘾性。一些新型的药物比如丁螺环酮、坦度螺酮等，这些药物已经广泛地应用于焦虑症的治疗。
抗抑郁的常用药物是SSRI类的药物、SNIR等药物，这些药物疗效好，副反应比较少，当然也有其它一些新型的抗抑郁药物也在应用。抗抑郁药物对焦虑症状也有一定的减轻的作用，所以临床上也常常将抗抑郁药应用于一部分合并焦虑抑郁症状的患者。