新生儿感染新型冠状病毒肺炎，症状一般不典型，相对来说比较轻，临床表现为呕吐、腹泻等消化系统的症状，或仅表现为反应差、呼吸急促等。极少数的新生儿可有多系统的炎症综合征，出现类似于川崎病或者是不典型川崎病的表现，还有中毒性休克综合征或者是巨噬细胞活化综合征等，多发生于恢复期。
新生儿主要表现为发热伴皮疹、非化脓性结膜炎，以及黏膜炎症、低血压、休克、凝血障碍、急性消化系统的症状，一旦发生，病情可在短期内极急剧恶化。患有新型冠状病毒肺炎的孕妇，可以将新型冠状病毒传染给新生儿。