脚灰指甲如果明确诊断之后，大部分患者需要口服抗真菌药物，而且口服抗真菌药物效果最好，常用的如特比萘芬或者伊曲康唑，有很强的杀灭真菌作用，口服之后药物的有效浓度可以达到甲板，而且在甲板会存留很长时间，能够起到有效的杀灭真菌作用。随着正常指甲的长出，指甲逐渐恢复正常。
除了口服药物，如果比较轻症的灰指甲患者也可以使用外用药物，像阿莫罗芬搽剂或环吡酮搽剂，也有较好的临床疗效。将病甲尽量去除，然后外涂药物，需要数周的时间可以治愈。