慢性结膜炎进展缓慢，持续时间长，由于潜在病因的持续存在，所以其治疗也通常较长，容易反复。慢性结膜炎可由急性结膜炎演变而来，或毒力较弱的病菌感染所致，也有可能是过敏性结膜炎所导致。
慢性细菌性结膜炎多见于泪道阻塞或慢性泪囊炎患者，患者通过进行抗感染治疗或泪道疾病的治疗，慢性结膜炎会好转，但是容易反复。过敏性结膜炎常常由于外界致敏原的存在会反复发作，所以过敏所导致的慢性结膜炎会持续很长时间。患者是否能够治疗好，主要取决于患者对治疗方案的依从性，部分患者通过合理的使用抗生素眼药水、抗过敏眼药水，可以使慢性结膜炎得到有效缓解，但是慢性结膜炎容易反复。