对于急性或初发肛裂患者的初始治疗，应以非手术治疗为主，大多数患者在数周之内可以痊愈。对于保守治疗无效，经久不愈且症状重者，可以考虑手术治疗。急性肛裂非手术治疗是安全的，副作用比较少，通常作为一线治疗，比如坐浴、服用润肠通便药，可以联合局部麻醉剂等。
早期轻症患者，可以适当增加膳食纤维和水的摄入，改善便秘情况。可以用1:5000浓度的高锰酸钾溶液坐浴治疗，起到清洁肛门处皮肤作用，松弛肛门括约肌，并增加肛门血流量，养成良好的排便习惯。
局部用药治疗，对于疼痛剧烈患者可以使用局部镇痛药，如利多卡因乳膏等可以减轻疼痛症状。还可以在医生指导下，使用0.2%的硝酸甘油软膏涂于肛裂患处。如果药物保守治疗无效的患者，可以采用手术治疗，手术治疗主要有肛裂切除术和内括约肌部分切断术。