如果肾脏发现了囊肿，如何进行处理需要根据不同的情况来进行判断。如果肾脏囊肿是单发性的肾脏囊肿，在B超上显示是1级或者2级，只需要动态观察，当直径在5cm以上的时候需要穿刺抽液处理。
如果这个囊肿是多发性的囊肿，需要区分是多发性的囊肿和多囊肾。如果确诊是多发性的囊肿，而且在B超上显示是2F级或者3级、4级，就需要作肾脏强化CT来确认是否用恶性病变的可能，如果存在恶性病变，需要泌尿外科做手术处理。
如果经过区分以后是个多囊肾，是遗传性疾病，需要动态观察，当直径达到十几厘米的时候要进行积极的处理，在日常生活中也需要防止破裂、出血以及感染。因为多囊肾终归有一天要发展到尿毒症，需要积极的对症处理，减轻不良症状。