肠镜检查有两种方式，分为普通肠镜和无痛肠镜。普通肠镜检查是会有一定的腹痛、腹胀的表现。无痛肠镜是几乎感觉不到疼痛。
肠镜检查是通过将肠镜镜身伸入到肛门、直肠、结肠内进行观察肠道的黏膜病变，在进镜的过程中需要注气到肠腔，同时肠道有弯曲的地方，肠镜经过弯曲的地方时需要牵拉，会导致肠系膜牵拉以及肠腔扩张而出现腹痛、腹胀的表现。部分严重的患者会难以忍受而放弃肠镜的检查，所以普通肠镜是有一定的疼痛和不适。无痛肠镜是在麻醉的状态下进行肠镜的检查，病人在完全睡眠的情况下完成检查，所以病人没有不适的感觉。对于难以耐受普通肠镜的患者可以选择麻醉的情况下行无痛肠镜检查，可以减轻痛苦，避免腹部不适和疼痛。
建议肠镜前不要吃辣的、甜的、凉的以及油腻的，最好吃发酵的面做的食物，不要吃死面的食物，如饼、速冻水饺。同时注意韭菜、豆腐皮尽量不要吃。