肛周脓肿手术过程是否痛苦，主要取决于以下几个方面：
1、麻醉方式的选择，如果采用局麻的方式手术，手术过程可能会比较痛苦，如果选择骶麻、腰麻或者全麻的方式手术，手术过程当中是没有明显痛苦的。
2、疾病的轻重，如果脓肿的位置表浅、范围小，手术过程当中，在麻醉良好的情况下是没有明显痛苦的。如果脓肿的位置比较深、范围比较大，在全麻以外，其他的麻醉方式下都可能会有一些痛苦，尤其是局麻下痛苦会比较明显。
3、与手术者的经验和操作方式有关，如果术者经验丰富、操作轻柔，手术的痛苦会比较小，如果术者经验比较生疏而操作比较粗暴，患者的痛苦可能会比较大。
4、与手术方式也有一定关系，如果采用脓肿的切开引流术痛苦会比较小，如果直接进行一次性的切开挂线治疗，手术过程当中痛苦可能相对要大一些。