胆汁反流性食管炎会引起腹胀、消化不良、反酸烧心、恶心、呕吐，以及胸骨灼热、疼痛和吞咽困难等症状。胆汁反流性食管炎与肠胃蠕动异常，以及十二指肠中内容物反流到胃、食管之内有直接关系，因此在患病期间，大多数患者都会伴随有腹部发胀、食物消化不良的表现。
由于胆汁酸的腐蚀性特别强，因此在进入胃、食管之中后，会对胃、食管黏膜造成侵犯，从而出现反酸烧心症状。并且胃部在受到刺激，痉挛收缩时会造成胃内压增加，而出现恶心、呕吐。由于食管部位与胸骨比较接近，所以在食管黏膜受到损伤时，会伴随有胸骨部位灼热疼痛感。反流性食管炎会导致食管黏膜水肿、充血，导致食管管腔相对狭窄，因此不少人会伴随有吞咽困难。