临床上男性尿道炎通常主要是一些细菌、微生物、病毒等感染所造成的，包括大肠杆菌、衣原体、支原体、淋球菌、疱疹病毒等等。
男性尿道炎主要分为淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎，可以根据临床药敏的结果，选择一些相应敏感的抗生素进行治疗。临床上比较常用的有氟喹诺酮类、头孢类等相应的药物。
对于反复感染、迁延不愈的患者，也要考虑可能存在泌尿系统的基础疾病，如泌尿系统畸形、泌尿系统异物、泌尿系统损伤、下尿路梗阻性的疾病等等。