精索静脉曲张手术以后最常见的后遗症为复发，据资料显示，经腹股沟的精索静脉高位结扎术以后，复发率可以达到25%，其他常见的后遗症还包括阴囊水肿或者睾丸鞘膜积液，发生率为3%-40%，发生与淋巴管损伤、淋巴液外渗等有关。
睾丸萎缩的发生率大约为0.2%，常因为睾丸动脉受到损伤，引起睾丸血供减少而发生。神经损伤容易发生在经腹股沟的手术，还有经腹腔镜的手术，也可以造成一些神经的损伤，比如生殖股神经发生率为2%-9%。另外，急性附睾炎的发生与睾丸动脉的损伤有关，主要发生在术后5-10天，会出现阴囊肿胀、疼痛，附睾肿胀、边界不清，可伴发热。如果做了腹腔镜手术，还有一些特殊的后遗症，比如阴囊气肿或者网膜气肿。另外，手术以后也常见腰背痛、睾丸疼痛、腹腔与盆腔脏器损伤等，这些损伤的发生以及损伤的概率，与术者的手术经验有关，也与选择的手术方式有关。