新型冠状病毒肺炎核酸检测中咽拭子的核酸检测率可以达80%-90%，不如鼻咽拭子的检测率，而鼻咽拭子不如痰的检测率。新型冠状病毒肺炎核酸检测下呼吸道分泌物的阳性率要高于咽拭子，咽拭子标本采集时比较方便，所以一般都采用咽拭子，如果高度可疑的人，咽拭子检测核酸是阴性，可以再考虑检测下呼吸道分泌物或者痰液。
新型冠状病毒肺炎核酸检测会受到病程、标本采集，以及检测试剂的影响，可能会出现假阴性，所以标本一定要规范采集。标本采集之后，应该尽快送检，对于高度可疑、疑似检测阴性时，也不能完全排除新型冠状病毒肺炎。