导致胎儿单心室的主要原因有：一、各种原因导致的基因突变，导致出现的房室管不能，和发育中的心室正确对线导致；二、在怀孕早期，母亲因为接触过多的电子辐射，比如手机、电脑、电视、打印机等，或者行X线检查、CT检查等含有射线比较多的检查，或者职业原因而接触了染发剂，因为装修房子而接触了甲醛、苯、酚等化学物质，导致胎儿发育障碍，心脏发育畸形；三、在怀孕早期，因为感冒、感染等口服了抗生素药物，或者其他对胎儿发育有害的药物，导致胎儿发育成单心室。总之，导致胎儿单心室的主要原因是在母体内的心血管发育障碍。