卵巢的巧克力囊肿治疗方法，主要有这样三类，如下：
第一个，保守治疗，主要是对于巧克力囊肿的直径小于五厘米，症状不严重，并且没有生育要求的一些人可以用一些口服的药物，或者是应用一些镇痛的药物缓解症状。
第二个，手术治疗，卵巢巧克力囊肿常常会破坏输卵管或者是卵巢，所以经常会合并不孕，如果达到了两年以上正常的性生活而没有怀孕，就要进行腹腔镜下将巧克力囊肿剥除掉同时探查输卵管的通畅度，也就是输卵管通液。
第三个，可以对于痛经和月经量偏多的女性，可以上曼月乐环缓解痛经和月经多的症状。
所以对卵巢巧克力囊肿，要根据患者具体的情况，在医生的指导下选择应用不同的治疗方法。