消化性溃疡的发病有一定的季节性，全年都可发作，但是以春季、秋季发作者比较多见。消化性溃疡临床主要表现为疼痛，疼痛有长期性、周期性、节律性等特点。由于溃疡发生后可以自行愈合，但每次愈合后又容易复发，故常由上腹部长期且反复发作的特点，上腹部疼痛呈反复周期性的发作，尤其以十二指肠溃疡更为突出，中上腹疼痛发作可持续几天、几周，或者更长的时间，但是以春季、秋季比较多见。
溃疡疼痛与饮食之间具有明显的相关性，在一天中，凌晨三点到早餐这一段时间胃酸分泌最低，此时间段很少发生疼痛。十二指肠溃疡的疼痛多在两餐之间发生，持续不减，直到下餐进食或者服用抑酸药以后会逐渐缓解。一部分十二指肠溃疡患者，由于夜间的胃酸比较高，尤其在睡前进餐，可在半夜发生腹痛。胃溃疡的疼痛比较没有规律，常在餐后一小时内发生，经过1-2小时后逐渐缓解。