胡桃夹综合征的治疗分为保守治疗和手术治疗，保守治疗往往应用于镜下血尿或者间断短时无痛肉眼血尿者，不伴有贫血。对这类患者应当严密随访，不必进一步治疗。长期持续肉眼血尿，如果也没有贫血的话，也可以观察病情发展。因为随着年龄的增长，一方面可以建立侧支循环，改善症状；另一方面肠系膜上动脉起始部的周围脂肪结缔组织增加，能够缓解梗阻程度，因此最好是保守观察。
胡桃夹综合征的另外一个治疗是手术治疗。它的手术适应症是经两年以上观察或者内科对症治疗，症状无缓解或者加重者，或者有肾功能损害并出现并发症，如腰酸、头晕、乏力者，手术的目的是解除左肾静脉压迫，因而手术方式并不固定，包括肠系膜上动脉与腹主动脉端侧吻合术、自体肾移植术、左肾静脉下移术等。