治疗男性性功能障碍，通常包括心理的治疗、行为的治疗，以及药物的治疗这些方法。男性性功能障碍通常可能包括勃起功能障碍、射精功能障碍，常见的如早泄、ED，这些情况下可以针对性选用行为的治疗，如盆底肌训练、阴茎的动-停技术或者挤捏技术。对于一些心源性导致性功能障碍的患者，要进行心理的疏导，以及心理方面的治疗。
一些药物对于男性性功能障碍的治疗，也非常有效。根据其性功能障碍的类型，或者具体患者的情况来进行选择，如勃起功能障碍，考虑采用PDE5抑制剂，而早泄这类射精功能障碍，可以采用5-羟色胺再摄取抑制剂达莫西汀等。