大肠水疗的危害性很小，但也存在一些不足之处，具体如下：
1、费用较高：不宜在低收入患者中开展。
2、不易清洁粪便：对黏稠粪便不易清洁，不易清洁回盲部、阑尾内口处粪便。
3、有局限性充血：因进水管插至距肛门约7-9cm，通过一定压力清洁肠道，因此此处易局限性充血，肠镜操做者需注意与结肠炎相鉴别。
4、与操作者熟练程度有关：部分患者直肠前壁黏膜有水疗时肛管插管的损伤，表现为局部环形黏膜出血点或淤血斑，损伤发生在直肠前壁，为插管时偏离肠管纵轴所致。
因此，在插管前进行认真的直肠指诊，了解肛管直肠走行方向非常有必要，也能排除直肠的占位性病变，肛门插管固定牢固，更换体位时避免不必要的损伤。