女性在月经结束后出现小腹隐痛的病因比较多，最常见有以下几个方面：1、可能是由于女性在月经期不注意卫生，或者月经期过性生活，导致女性生殖系统出现感染的情况，特别是患有盆腔炎或附件炎等情况时，会出现小腹部隐痛的症状。2、患者在月经后出现小腹隐痛，也有可能是由于患者在月经结束后免疫力比较低下，腹部出现受寒现象导致疼痛症状的发生，比如女性腹部没有做好保暖工作，或者吃了过于寒凉的食物引起。3、如果患有宫颈方面的疾病，也有可能会出现小腹隐痛。建议患者应该到医院进行妇科检查及B超，进一步明确确诊，再对症治疗。