人工牛黄甲硝唑主要用于口腔感染，副作用比较常见的表现在以下几方面，首先有可能导致患者出现胃肠道反应，比如恶心、食欲减退、呕吐、腹泻、腹部不适、味觉改变、口干、口腔金属味等。另外，药物也有可能导致患者出现中枢神经系统症状，比如头痛、眩晕、感觉异常、肢体麻木、共济失调和精神错乱等。
严重的时候，高剂量使用甲硝唑可能会引起癫痫发作以及周围神经病变，周围神经病变主要就是表现为肢端麻木和感觉异常。除此之外，人工牛黄甲硝唑也可能导致患者出现粒细胞减少，个别患者也有可能对该药物有过敏反应，比如出现皮疹、荨麻疹、瘙痒等。总之，人工牛黄甲硝唑的副作用主要表现在胃肠道、中枢神经系统以及其他部位。