母乳喂养的新生儿出现消化不良的主要治疗方法如下：1、母亲应当清淡饮食，尽量减少进食油腻食物、油炸食物以及高蛋白食物，可以减少乳汁中脂肪的含量，减轻患儿消化不良的症状。2、避免喝水，由于乳汁中的水分足以补充新生儿所需要的水分，饮水后可导致胃酸稀释，导致进食的母乳不能被消化，从而加重营养不良。3、药物治疗，可给予助消化药物如胃蛋白酶、消食片等，改善胃肠功能药物如多潘立酮、莫沙必利等，调整肠道菌群药物如乳酸菌、双歧杆菌以及地衣芽孢杆菌等。4、严禁对新生儿添加母乳以外的食物以免加重消化不良。