功能性闭经指的应该是一种生理现象，属于一种在青春期之前由于女性的下丘脑-垂体-卵巢性腺轴的发育还没有完全完善，体内的激素水平对于一些雌激素和孕激素的正反馈和负反馈作用还没有完全形成，因此不会有月经的来潮，这个时候就是一种生理的状态。
除此之外，在妊娠期以及哺乳期由于卵巢的功能受到了体内所分泌的泌乳素、雌激素以及孕激素水平的限制和抑制，导致卵巢不会发生周期性的排卵，自然也不会出现周期性的月经来潮，这种情况下也属于生理现象。除此之外，则是指绝经之后，绝经之后伴随着卵巢排卵功能的丧失，体内的雌激素和孕激素水平持续属于低水平的运行状态，在这个时候也不会有月经的来潮，因此上述可以将它视为生理现象，因此偶尔也会将它称之为功能性的闭经。