肺结核和支原体肺炎两者是完全不同的疾病，肺结核是由结核分枝杆菌感染肺组织而引起的，具有传染性，属于传染性疾病，而肺炎支原体感染肺组织形成的支原体肺炎，具有一定的传染性，但不属于传染病。
另外，临床症状也稍有不同，肺结核多有结核的中毒症状，例如午后低热、盗汗、消瘦、纳差、乏力，同时可以伴有咳嗽、咳痰、咯血、胸痛等不适。
如果出现其他部位的结核，可以产生相应的临床表现，而肺炎支原体感染形成的支原体肺炎多以干咳为主，部分患者可以出现低热、盗汗以及四肢关节疼痛等临床表现。
治疗上也有不同，肺结核多需要予以抗结核药物规范长期治疗，疗程通常需要6-9个月甚至是更长的时间，支原体肺炎多需要选择敏感的抗生素抗感染治疗，疗程多在2-3周。