艾滋病患者到晚期，由于CD4+T淋巴细胞大量被耗竭，使机体的免疫功能极度衰竭，出现各种机会性感染，对细菌、病毒、真菌、寄生虫、支原体等防御能力下降，对恶性肿瘤的预防能力也会下降，出现反复发作的吸血性肺炎、败血症、深部真菌感染，还有常见的机会性感染，如肺结核、肺泡菌肺炎、弓形虫感染以及各种病毒感染。
肺结核也是艾滋病患者最常见的合并症，而且是艾滋病患者死亡的首要原因。典型的症状可以出现全身性、播散性的多气管感染，表现为发热、乏力、盗汗、体重下降、腹痛、腹泻。肺泡菌肺炎也是艾滋病患者最常见的机会性感染，出现发热、咳嗽、呼吸困难等，常见的弓形虫脑病可以出现发热、头痛、意识障碍、四肢活动障碍，以及恶性肿瘤。这些疾病到晚期难以治愈，而且使病人逐渐消耗，最终可以导致病人死亡。