乙型脑炎脑脊液的颜色一般从外观看大多是无色透明的，也有极少数患者可以有轻微的混浊，脑脊液的压力大多是增高的，也有极少数患者压力是正常的，脑脊液的细胞数大多在50-500立方厘米之间，也有极少数患者脑脊液细胞数正常。细胞的分类当中大多是以淋巴细胞增高为主，糖、氯都是在正常范围，脑脊液中的蛋白定量可以轻度的增高。
乙型脑炎的诊断一方面要根据脑脊液来进行判断，同时还要结合当地的流行病史以及患者的临床症状。同时由于乙型脑炎大部分是经过蚊虫传播，所以防蚊、灭蚊对于预防乙型脑炎是非常重要的，也要在乙型脑炎的流行季节之前进行疫苗接种，预防乙型脑炎的发生。