儿童自闭症是一种广泛性的神经发育障碍，治疗比较困难，目前主要是用康复训练教育为主而结合心理治疗，有一些如果有精神症状可以用药物治疗。康复训练主要目的主要是改善核心症状，提高患者的适应能力和生活质量，国内和国际目前推荐的方法有行为分析法，也就是ABA这种方法，主要是融合了强化干预、互动式干预、手把手的辅助，以及示范，还有练习反馈，并且把家庭、学校、医疗机构和社区相结合，起到改善患者症状的作用。
还有心理治疗，心理治疗主要目的是强化已经形成的良好行为，同时也去除刻板行为、攻击性的行为、自伤致残等行为。药物治疗，如果有精神症状，可以使用第二代的抗精神病药，改善患者的症状，像激惹症状、行为障碍等等。如果有注意缺陷多动障碍，可以合并使用哌甲酯、托莫西汀。如果有情绪症状，像焦虑、抑郁症状，可以使用舍曲林、氯米帕明等，可以改善这些情绪症状。