肾结石应用药物治疗大多数是整块排出，要想大块结石变小是非常困难的，某些结石，例如碳酸盐结石，可以用酸化尿液的方法促进其排出，尿酸结石、胱氨酸结石可以通过碱化尿液的方式促进其排出，但是作用也相对的比较微弱，一般还是用物理的方法将大块结石击碎，化大为小才容易排出。
临床上小于0.6cm的结石，光滑、梗阻不严重的才考虑应用排石疗法，排石的中成药常有鸡内金、海金沙、金钱草等中成药，但是单味中药作用有限，一般都是应用复方制剂，比如排石汤，也可以用一些中成药，比如排石冲剂、排石颗粒、肾石通颗粒、尿石通等等。