男性生殖器疱疹可以分为原发性、复发性，还有亚临床型，这三种类型。原发性生殖器疱疹主要是通过不洁的性行为、接触，感染疱疹病毒而引起。平均3-5天的潜伏期之后，在阴茎、包皮、龟头、冠状沟等处，就会出现群集或者散在的小水疱，2-4天左右破溃，形成糜烂、溃疡，然后结痂治愈，需要2-3周。少数人可能会出现局部的淋巴结肿痛，还有发烧、头痛、乏力等全身症状。
当机体免疫力下降的时候，疱疹的症状还可以复发，主要也是局部出现水疱，但是往往症状相对较轻，病程比较短，一周左右基本上就可以痊愈。除此之外，还有一些亚临床型生殖器疱疹，症状不典型，表现为生殖器部位有些微小的糜烂、裂隙、溃疡等，没有明显的水疱，就容易被忽视。