对于滤泡性咽喉炎，如果有症状需要及时治疗，发作期是它最好的治疗时间。滤泡性咽喉炎的治疗主要为病因治疗以及对症治疗，去除病因治疗是目前滤泡性咽喉炎的主要治疗方法，包括去除病因，如戒烟戒酒、改善工作和生活环境、避免粉尘及有害气体、积极治疗鼻炎和鼻咽炎等慢性炎症、对于胃食管反流患者给予抑酸制剂等等。
药物治疗有口服中成类的药物，如咽喉炎含片，可以对症治疗咽喉炎的症状，缓解咽部的疼痛感，另外可以用20%的硝酸银涂抹于咽部，可灼烧咽喉壁肥大、增厚的淋巴滤泡，具有收敛以及消炎的作用，但是一定要注意此药具有一定的刺激性，需要专业的耳鼻喉科医生进行操作。