肛瘘手术以后痊愈的时间一般在2-6周不等，主要取决于患者病情的轻重、手术方式的选择以及患者的体质状况。
如果是低位单纯性肛瘘，不管采取哪种手术方式，一般恢复时间大概在2周左右，如果是低位的复杂性肛瘘或者是高位的肛瘘，采用切除缝合的方式，一般恢复期在4-6周左右，如果采用挂线治疗的方式，恢复期一般在6周以上。
如果患者伴有慢性的消耗性疾病，比如恶性肿瘤、克罗恩病、溃疡性结肠炎，或者是肾脏、肝脏等消耗性疾病，恢复的时间可能会更长。