鱼腥草滴眼液在临床上主要是因为其具有清热解毒、利湿的功效，主要用于风热疫毒上攻所致的暴风客热、天行赤眼等。同时，在应用的过程中，可以对急性卡他性结膜炎以及流行性角膜炎、结膜炎，都有很好的疗效。
其在临床上出现的禁忌症非常少，主要是对于鱼腥草过敏者禁用，其他一些过敏症状，甚至是紧急情况非常少见。在应用的过程中，如果出现了急性的角膜炎、结膜炎症状，最好配合应用抗生素或者抗病毒类滴眼液，不要单独只用鱼腥草一种来对症治疗。