双肾结石的治疗，需要根据结石的大小和位置、是否合并积水和感染、患者的年龄、身体一般状况等因素，选择合适的治疗方法。常用的治疗方法有口服药物排石治疗、体外冲击波碎石治疗、输尿管软镜碎石治疗，还有经皮肾镜碎石治疗等。
一般对于体积比较小的肾结石，比如肾结石＜0.6cm，结石没有引起梗阻，可以通过多饮水、适当运动、口服排石药物进行治疗。如果肾结石体积比较大，可以选择体外冲击波碎石或者输尿管软镜碎石治疗。对于体积过大的肾结石，一般采用经皮肾镜碎石术进行治疗。