EB病毒感染分为急性EB病毒感染和慢性EB病毒感染，两者的治疗有所差别，需根据以下分类进行治疗：
1、急性EB病毒感染：也就是传染性单核细胞增多症，病情轻的患者不一定需要抗病毒治疗，多为自限性，一般采取对症的处理措施，体温超过38.5℃，可以应用退热的药物或者物理降温，一般情况下，会伴有肝损害，可以应用保肝、降酶的药物治疗，注意多喝水、休息，轻者可以逐渐痊愈。但如果病程比较长，病情偏重，这时需要进行抗病毒治疗，抗病毒的药物有更昔洛韦或者干扰素。对于EB病毒感染引起的传染性单核细胞增多症，多数患者通过对症或者抗病毒治疗，基本可以彻底治愈。
2、慢性EB病毒感染：缺乏特效的抗病毒药物，一般采取对症的处理措施，必要的时候需要应用化疗的药物来治疗，具体的化疗方案需要遵照医嘱，有些患者需要进行干细胞移植，应由医生判断之后采取相应的治疗措施。