细菌性阴道炎的治疗主要是应用甲硝唑口服或者是阴道凝胶，把厌氧菌控制一下，接着要应用调节阴道菌群的药，比方阴道乳酸杆菌进行阴道上药，恢复阴道乳酸杆菌的浓度。
同时，恢复阴道的酸碱度、抵抗力，继而重建阴道的菌群，恢复阴道的正常菌群。治疗一般来说要治疗2-3个疗程。初次治疗以后，再在下次来月经干净以后的3-7天左右再接着进行下一个疗程，巩固稳定治疗的效果。