治疗灰指甲不会疼痛，灰指甲是由皮肤癣菌侵犯甲板所引起，灰指甲的治疗主要是系统口服抗真菌感染的药物，像特比萘芬或者伊曲康唑，药物吸收后，有效的药物浓度会在甲板潴留，对真菌起到杀灭作用。随着指甲的长出，指甲逐渐恢复正常，这个过程不会有疼痛、不适的症状。
除了口服药物，比较轻症的灰指甲患者也可以局部外涂药物，常用的比如阿莫罗芬搽剂等，这个过程可能需要把病甲适当的锉掉，局部外涂药物，也不会产生疼痛不适的症状。特殊病例，比如指甲高度增厚，可能需要拔甲，这个情况可能会有疼痛、不适。