艾滋病晚期时，患者可以存活1-2年。艾滋病晚期可以出现原因不明的持续不规则的发热，可以超过一个月，腹泻也会超过一个月，而且会出现明显的体重下降，大多数在六个月内体重会下降10%以上。
患者会出现反复发作的口腔真菌感染，反复发作的单纯疱疹病毒感染、带状疱疹病毒感染、肺孢子菌肺炎，还有反复发生的细菌性肺炎，活动性结核和非结核分枝杆菌病，以及深部真菌感染、中枢神经系统占位性病变等。患者还会出现中青年人的痴呆，晚期还会出现恶性肿瘤，常见的恶性肿瘤有卡波西肉瘤，最终病人因为严重的并发症而导致死亡。