前列腺增生的治疗目前主要还是西医治疗为主，常用的药物是α受体阻滞剂和吾尔法还原酶抑制剂。
中医药在前列腺增生的治疗当中也有一定的作用，但是中医的治疗应当是以辨证施治为主，根据证候的不同采用不同的药物，目前并没有关于南瓜子治疗前列腺增生的明确疗效的评价。
前列腺增生的基本病机是湿热下注、痰瘀互阻、脾肾亏虚，因此治疗上是以清热利湿、化痰散结、补益脾肾为基本原则。
根据辨证的不同常用的药物包括八正散和抵当汤加减、柴胡疏肝散和膈下逐瘀汤加减、膈下逐瘀汤和消瘰丸加减、补中益气汤和六味地黄丸加减、左归饮和抵当汤加减、金匮肾气丸加减。
在单方、验方或者是食疗当中没有南瓜子的治疗效果的评价，所以目前认为南瓜子可能对于前列腺增生并无明确的疗效。