胆结石核磁共振一般是在B超、CT无法确诊的情况下再进一步检查，因为核磁共振的费用比较高，而B超相对经济、便宜，而且无辐射。B超是胆结石检查的首选，B超无法明确是否胆结石有排出到胆管时，可以进一步的行CT检查明确。
但某些胆固醇性的结石在CT下并不会显影，所以导致CT无法明确，此时需要进一步行磁共振，如MRCP确定胆囊结石的具体位置是否排出到胆总管。如果有排出到胆总管，相应的治疗方式会有所差别，所以需要进一步的进行磁共振的检查，明确具体胆结石的位置，选择对应的治疗方式。如果是胆囊结石，仅需要做微创的胆囊切除，如果有合并胆管结石，则需要考虑继续行微创，还是行开腹手术、ERCP取石。